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| 究生类别 | 所系代码 | 招生专业目录 | 国家计划 (参照2013招生计划) | 拟增招 (不确定) | 为上科大代招硕士生 (参照2013招生计划) | 招生规模合计 | 备注 |
| 学术型研究生 | 101 | 生物化学与细胞生物学研究所 | 66 | 0 | 42 | 108 | 硕博连读生 |
| 102 | 植物生理生态研究所 | 49 | 2 | 12 | 61 | 硕博连读生 | |
| 103 | 神经科学研究所 | 34 | 1 | 10 | 44 | 硕博连读生 | |
| 106 | 健康科学研究所 | 29 | 4 | 8 | 37 | 硕博连读生 | |
| 107 | 营养科学研究所 | 27 | 8 | 10 | 37 | 硕博连读生 | |
| 108 | 上海巴斯德研究所 | 11 | 9 | 8 | 19 | 硕博连读生 | |
| 109 | 计算生物学伙伴研究所 | 14 | 1 | 6 | 20 | 硕博连读生 | |
| 110 | 系统生物学重点实验室 | 4 | 0 | 12 | 16 | 硕博连读生 | |
| 115 | 植物逆境生物学研究中心 | 30 | 5 | 0 | 30 | 硕博连读生 | |
| 80100 | 合计 | 264 | 51 | 108 | 372 | | |
| *注：与上科大联合培养研究生为学术型硕士研究生（非硕博连读研究生）， | |||||||
| 专业型研究生 | 112 | 专业学位（上海生命科学研究院） | 32 | 15 | 0 | 32 | 工程硕士 |
| 108 | 专业学位（上海巴斯德研究所） | 7 | 11 | 0 | 7 | 工程硕士 | |
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