北京交通大学硕士研究生导师信息：李翔宇

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　　李翔宇

　　博士 、副教授 、博士生导师

　　基本信息

　　办公电话：51684116电子邮件： lixiangyu@bjtu.edu.cn

　　通讯地址：北京交通大学逸夫楼邮编：100044

　　教育背景

　　2013.8~2019.7 清华大学自动化系，获工学博士学位(导师：张学工教授和张奇伟教授)

　　2009.8~2013.7 吉林大学数学学院统计专业，获理学学士学位

　　工作经历

　　2019.07-至今 北京交通大学 软件学院

　　2023.01-2024.01 英国剑桥Sanger研究所 访问学者

　　中国自动化学会智能健康与生物信息专委会委员、中国人工智能学会生物信息学与人工生命专委会委员

　　研究方向：人工智能、机器学习、生物信息学

　　研究小组主页：https://xiangyuli-lab.github.io/

　　研究方向

　　人工智能与大数据

　　软件工程理论与技术

　　软件服务工程

　　软件工程

　　智能交通领域关键软件

　　招生专业

　　软件工程硕士

　　软件工程博士

　　科研项目

　　国家自然科学基金面上项目：基于多模态信息融合的疾病相关空间域识别方法，2027-2030(主持)

　　国家自然科学基金青年项目: 整合单细胞转录组数据与空间转录组数据的细胞异质性分析方法, 2021-2023 (主持)

　　清华大学信息国家研究中心开放课题(北京信息科学与技术国家研究中心)：泛血管系统单细胞组学数据基座构建，2026-2027 (主持)

　　基本科研业务费基础研究项目: 基于空间组学数据的细胞异质性分析方法, 2026-2028 (主持)

　　自然科学横向项目：病理图像细胞识别与空间分析软件开发，2026-2027(主持)

　　基本科研业务费人才基金: 单细胞组学数据的表示学习, 2019-2024 (主持)

　　教学工作

　　《人工智能基础》(本科课程)

　　《科技论文写作》(本科课程)

　　《数据科学与知识发现》(研究生课程)

　　论文/期刊

　　Ÿ代表性论文(通讯作者#, 共同一作*)：

　　[1] Li X, Chen W, Chen Y, Zhang X, Gu J#, Zhang Q. M#. (2017). Network embedding-based representation learning for single cell rna-seq data. Nucleic Acids Research, 45(19), e166.(中国自动化学会A+类期刊，IF=19.16)

　　[2] Guo T*, Yuan Z*, Pan Y, Wang J, Chen F, Zhang Q. M#, Li X#. (2023) SPIRAL: integrating and aligning spatially resolved transcriptomics data across different experiments, conditions, and technologies. Genome Biology, 24(1): 241. (中国自动化学会A+类期刊，IF= 17.4)

　　[3] Wang J*, Huo Y*, Zhao R, Pan Y, Wu J, Wang H, Li X#.(2026) SpaMOAL is a deep learning method that enables accurate spatial domain identification from multi-omics data. Plos Biology. (Accepted, 中科院一区)

　　[4] Wu Z*, Huo Y*, Xu W*, Li X#, Li T#(2026) STRAND: A Comprehensive Subcellular-Resolved Spatial Transcriptome RNA Architecture and Navigation Database. Nucleic Acids Research. (Accepted, 中国自动化学会A+类期刊，IF=19.16)

　　[5] Huo Y, Guo Y, Wang J, Xue H, Feng Y, Chen W, Li X#. (2023) Integrating multi-modal information to detect spatial domains of spatial transcriptomics by graph attention network. Journal of Genetics and Genomics, 50(9), 720-733. (IF= 7.1, 中科院一区 )

　　[6] Guo T, Chen Y, Shi M, Li X#, Zhang Q. M#. (2022).Integration of single cell data by disentangled representation learning. Nucleic Acids Research, 50(2), e8. (IF=19.16)

　　[7] Wu G, Li X#, Guo W, Wei Z, Hu T, Shan Y, Gu J#. (2022). JEBIN: analyzing gene co-expressions across multiple datasets by joint network embedding. Briefings in Bioinformatics, bbab603.(IF=13.994)

　　[8] Yan A*, Xiong J*, Zhu J*, Li X*,Xu S, Feng X, Ke X, Wang Z, Chen Y, Wang H, Zhang, Q. M#, Kee K#. (2022).DAZL regulates proliferation of human primordial germ cell by direct binding to precursor miRNAs and enhances DICER processing activity. Nucleic Acids Research,gkac856 ( IF=19.16, 共同一作)

　　[9] Huo Y*, Wang J*, Liu C, Wang J, Wang C, Guo W, Yuan Z, Guo T, Gu J, Li X#.(2024) CancerSRT: A Spatially Resolved Transcriptomics Database for Human Cancers. Journal of Genetics and Genomics. (IF=7.1，中科院一区)

　　[10] Li X., & Chen W. (2021) Label Preserved Heterogeneous Network Embedding. In International Conference on Neural Information Processing (pp. 121-132). Springer, Cham.

　　专著/译著

　　专利

　　软件著作权

　　获奖与荣誉

　　北京交通大学优秀主讲教师

　　学术报告

　　07/2021 报告，中国生物工程学会第五届青年科技论坛

　　01/2021 邀请报告，北京协和医学院

　　04/2019 邀请报告，北京大学医学部，医学信息学系

　　02/2019 邀请报告，北京大学医学部，医学信息学系

　　01/2019 邀请报告，国家蛋白质科学中心·北京

　　11/2018 海报，Cold Spring Harbor Asia meeting on Frontiers in Single cell Genomics

　　10/2018 邀请报告，北京大学医学部，医学信息学系

　　08/2018 报告&海报，Pilot Projects for a Human Cell Atlas Europe Retreat

　　04/2018 邀请报告，北京大学医学部，医学信息学系

　　11/2017 邀请报告，中科院计算技术研究所

　　11/2016 海报，Cold Spring Harbor Asia meeting on Frontiers in Single cell Genomics

　　社会兼职

　　《Journal of Genetics and Genomics》青年编委

　　《Genome Biology》、《Nucleic Acids Research》、《Genome Research》、《 Briefings in Bioinformatics》、《Communications Biology》、《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》、《IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics》等期刊审稿人

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